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  收复台湾后，郑成功改台湾为东都，开始把台，澎经营为抗清基地。为了促进开发，加固根本，郑成功命令把将士和官员的家属送来台湾。然而在做这件事时，郑成功有些操之过急。当时，在击败了清廷达素统率的清军前来进犯之后，大陆沿海岛屿的局势比较稳定，并无紧急撤往台湾的必要，而且台湾尚未开发，一切都在草创阶段，条件艰苦，郑成功急于求成，立令过严，有些措施和对部属因小的疏忽而给予的惩罚过于严厉，甚至牵及到家属，引起部下人心惶惶，一些部将不愿意将眷属迁到台湾。
郑成功强令驻守大陆沿海岛屿将士把家属送到台湾，带有人质性质，意在防止诸将士叛投清方。这种措施与明太祖朱元璋把诸将家属留于京师，清廷命令文武大员以子弟入宫为侍卫如出一辙，都是试图以亲属的安危来维系下级的忠诚。然而，台湾当时的荒凉境况无法与明初的南京或清初的北京相提并论，硬性推行这一措施，势必在镇守金门，厦门，南澳等大陆沿海岛屿的将士中引起抵触。人心不平，讹言就会随之兴起，当时有人流传镇守南澳的忠勇侯陈豹（即陈霸）因不愿送家眷入台，已同清廷平南王尚可喜暗中联络投降事宜，郑成功得知消息，未查明真实情况就下手谕给郑经和洪旭，命令周全斌等人带领舟师去南澳平叛。陈豹无以自明，率领部卒乘船往虎门向清方投降。
1661年（顺治十八年）十月初三日，清廷见郑成功毫无投降诚意，把拘禁中的郑芝龙和他的儿子郑世恩，郑世荫等全家十一口“照谋叛律族诛”。消息传到台湾，郑成功悲痛欲绝，尽管他对此早有精神准备，一旦成为现实，面对父亲和无辜的弟弟，侄儿满门抄斩毕竟无法做到无动于衷。
1662年四月，林英从云南逃回，带回了永历帝在缅甸被清军俘虏，西南抗清武装只剩下李定国率领的残部退往边境地区的坏消息。这意味着郑成功与李定国东西遥相呼应的局势不复存在，清廷将可以专心致志集中力量对付郑军。郑成功回首往事，当初错过了与李定国东西配合进攻清廷的大好时机，内心悔恨可想而知。此时的郑成功除了继续挂着没有永历帝的永历招牌，僻处一隅之外，没有更好的选择。这种种苦境成了郑成功赴台之后心理失去平衡，举动乖张的重要原因。
郑成功心中郁积的忧闷最终因为一件小事而爆发。他的世子郑经留镇厦门，同四弟（一说五弟）的奶妈陈氏通奸生了一个儿子，开始，郑经向父亲报告侍妾生了个儿子，郑成功因为新添孙儿而高兴，赏了一点银物。不料，郑经的妻子是愿兵部尚书唐显悦的孙女，唐显悦为孙女不平，写信给郑成功大加非难，信中有这样的话：“三父八母，乳母亦居其一，令郎狎而生子，不闻饬责，反加赏赉。此治家不正，安能治国乎？”郑成功正因为复国无望积愤于心，唐显悦只顾泄私愤危言耸听，使得郑成功“登时气塞胸膛。立差都事黄毓持令箭”到金门与堂兄郑泰一起去厦门“斩其妻董氏治家不严之罪，并其子经与其所生孙，乳母陈氏”。守卫金门，厦门的黄廷，洪旭等诸将接到命令大为震惊，他们力图大事化小，和郑泰，黄毓商议，采取折中办法，杀陈氏与所生婴儿，诸将联名上启代董夫人及郑经请罪。取得董氏和郑经母子俩同意后，即按此办理，由黄毓回台复命。郑成功坚持必须杀掉董夫人和郑经，解下自己的佩剑让黄毓到金门交郑泰执行。郑泰无奈，只好把黄毓送到厦门向郑经说明事处两难。郑经立即把黄毓拘禁起来，和金，厦文武官员商议对策。正在此时，蔡鸣雷从台湾来搬家眷，郑经等向他打探消息，蔡鸣雷因为在台湾有过失，害怕受到郑成功处罚，就故意夸大其词，说藩主发誓要除掉董夫人和郑经，如果金门，厦门诸官拒不遵命就全部处斩，而且已有密谕给前往南澳征讨陈豹的周全斌命他相机行事。金门，厦门的文官武将听得此言一个个面面相觑，不知如何是好。最后商议，儿子郑经不能违抗父亲命令，各位将官身为臣下不能违抗上级长官命令，唯有郑泰可以兄长身份拒绝执行弟弟命令。以后台湾方面但有需求粮饷等物资，金门，厦门积极配合供给，但若兵锋相加，则“势必御之”。取得郑泰同意后，就趁周全斌征南澳回厦门之机，将他拘捕看押。同时给郑成功送去诸将公启，启本中有“报恩有日，候阙无期”的话，明确表达了金门，厦门诸将联合拒命的意思。郑成功看到此信后，心中愤懑至极。五月初一日，他已经感到身体不适，仍然每天登临将台手持望远镜眺望澎湖方向是否有船来。直到初八日，完全绝望，气噎而死，享年三十八岁。


从1662年四月到六月，永历帝朱由榔及其太子，郑成功，李定国相继离开人世，标志着南明复兴最后一线希望的彻底破灭。在这以后，郑经和坚持在夔东的抗清武装尽管仍然以永历纪年，但已经没有多少号召力了。郑经继承父业为经营台湾作出了重大贡献，但他的功业已经不适合纳入南明史的范畴。（待续）