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解读九、
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与2017年11月30日石正丽团队PLOS Pathogens论文相关的是非问题。 6park.com
继2016年6月24日Journal of Virology论文之后，报告又列举了石正丽团队（列名的共同作者还包括达萨克、王林发）2017年11月30日发表的一篇研究SARS病毒起源的PLOS Pathogens（公共科学图书馆·病原体，国际病原学领域著名学术期刊）论文：Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus（SARS相关的蝙蝠冠状病毒丰富基因库的发现为SARS病毒的起源提供了新的见解）
https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698 6park.com
这篇论文说了些什么呢？它的篇幅相当长，信息量很大，我将其内容简单归纳如下：
1) 石正丽团队在距云南昆明约60公里的一处洞穴，收集了64个冠状病毒检测阳性的蝙蝠消化样本（肛门拭子或粪便）。该洞穴有多种马蹄蝠（即菊头蝠）栖息，石正丽团队已对该洞穴进行了为期五年的纵向监测和蝙蝠冠状病毒收集；
2) 从64个样本中的49个扩增出了蝙蝠冠状病毒的RBD序列，从中挑选了具有代表性的11个RBD序列作进一步研究。注意：仅从一个样本中成功培养出了蝙蝠冠状病毒毒株（Rs4874），这是从64个样本中得到的唯一蝙蝠冠状病毒毒株；
3) 从11个RBD序列的对应样本中进一步分析出了11个冠状病毒的全基因组序列。这11个全基因组序列中的10个不是直接分析病毒毒株得到的，不存在它们对应的病毒毒株；
4) 11个新发现的病毒（其实是Rs4874，及10个分析出的基因序列），加上以前发现的4种病毒（rs3367、rsSHC014、WIV1、WIV16），一共15种病毒被作为继续研究的对象；
5) 分析、对照了15个病毒与SARS病毒（SARS-CoV）基因序列的整体相似度，分析、对照了它们与SARS病毒在S1蛋白（刺突蛋白的一部分，也叫受体结合亚基） 、RBD（受体结合域，S1蛋白的一部分）、ORF8（一种辅助蛋白）、NTD(N terminal domain，N端结构域，S1蛋白的一部分)等编码区域的局部相似度，发现多个病毒与SARS病毒分别在不同的局部区域高度相似；
6) 分析了15个病毒间基因序列的相关性，发现了多个疑似重组迹象，推测所研究山洞中的蝙蝠病毒间发生过频繁的自然重组事件。进而探讨了这些病毒与SARS病毒之间的进化渊源，推测SARS病毒的直接祖先与这些病毒的祖先存在进化亲缘关系，猜测SARS病毒可能起源于该蝙蝠洞穴；
7) 在10种无毒株的新病毒中又挑选了8种，用它们的刺突蛋白（基因序列）和WIV1病毒的骨架（全基因组序列）制作了8个嵌合病毒并获得了嵌合病毒的毒株。8个嵌合病毒是使用2016年6月24日Journal of Virology论文研发的反向遗传平台（参见解读八）合成的；
8) 实验发现，对应新病毒Rs4231和Rs7327的两个嵌合病毒WIV1-Rs4231S和WIV1-Rs7327S能够通过结合Vero E6细胞（非洲绿猴肾细胞系细胞）的ACE2受体感染（即进入）细胞，并在细胞内有效复制，其它6种嵌合病毒都不具备这一能力；唯一获得病毒毒株的新病毒Rs4874也具有同样的Vero E6细胞进入能力（Rs4874已经有毒株了，没有用它再去制作嵌合病毒）；
9) 进一步实验发现，WIV1-Rs4231S、WIV1-Rs7327S和Rs4874还能通过结合ACE2受体感染（进入）HeLa细胞，并在细胞内有效复制。HeLa细胞是一种人类宫颈癌细胞，是生物学、医学研究中使用最广泛的人类细胞；
也就是说，新发现了三种通过结合ACE2，能够感染（进入）灵长类细胞和人类细胞的可跨物种传播的特殊蝙蝠冠状病毒（一种有病毒毒株，另二种只有分析得出的基因序列）。之前发现的这类特殊蝙蝠冠状病毒还有4种：RsSHC014、Rs3367、WIV1、WIV16。
10）后面的小部分内容与调查报告所说内容无关，我就不介绍了。 6park.com
那么，调查报告对这篇论文又说了些什么呢？报告说：
此外，武汉病毒所研究人员还利用一年前他们首次推出的反向遗传学系统，将不同的与SARS类似的冠状病毒的刺突蛋白插入WIV1，创造了八株不同的嵌合病毒。其中两株嵌合病毒（WIV1-Rs4231S和WIV1-Rs7327S）和一种天然病毒（Rs4874）都在表达 hACE2 （注：human ACE2）的细胞中复制。
再次要强调的是，武汉病毒所研究人员在武汉国家安全生物实验室生物安全四级实验室投入运转前的2017年，就创造了能够感染人类的嵌合冠状病毒。（报告第36页） 6park.com
报告称，“武汉病毒所研究人员。。。将不同的与SARS类似的冠状病毒的刺突蛋白插入WIV1。。。”。请问，“SARS类似的冠状病毒”是不是很危险的病毒？“将不同的与SARS类似的冠状病毒的刺突蛋白插入WIV1”是不是很危险的操作？ 6park.com
答案都是否。首先，WIV1及新发现的病毒都是“SARS-Like冠状病毒”（或SARS-Related冠状病毒），但将它们称为SARS类似的冠状病毒”是不准确的，“SARS-Like冠状病毒”的准确全中文翻法是“类SARS冠状病毒”。类SARS冠状病毒并不危险，类SARS冠状病毒的致病能力与SARS不仅不相似，而且相去万里。类SARS冠状病毒中，致病能力与SARS类似的只有一种，就是新冠病毒。其它类SARS冠状病毒，除不超过两种可引发普通感冒外，其它全都不会使人发病。已知的蝙蝠类SARS冠状病毒都是人类无害的，包括WIV1（rs3367）。既然致病能力、危险程度和SARS毫无类似之处，为什么还叫SARS-Like或者类SARS冠状病毒呢？因为它们和SARS病毒同处冠状病毒β谱系的B支系（第二支系），相比其它支系的冠状病毒，如C支系的MERS病毒（中东呼吸综合症病毒），它们的基因序列与SARS更接近，更类似（如果属于第三支系，那么，它们就要叫类MERS病毒了）。一句话，蝙蝠类SARS冠状病毒不是危险病毒，研究蝙蝠类SARS冠状病毒不是危险研究，除非在对这些病毒进行功能增益改造。 6park.com
报告说，“武汉病毒所研究人员。。。将不同的SARS-Like冠状病毒的刺突蛋白插入WIV1，创造了八株不同的嵌合病毒”。 这是事实吗？确实如此。 6park.com
为什么不直接研究8个蝙蝠SARS-Like冠状病毒，而要研究用它们制作的嵌合病毒呢？因为这8个病毒根本就没有毒株可供研究，石正丽他们只从样本中分析出了这8个病毒的基因序列。 6park.com
为什么不基于基因序列，使用反向遗传平台直接合成、获得这8个病毒的毒株，而要合成、获得嵌合病毒的毒株呢？因为用8个病毒的刺突蛋白序列与WIV病毒合成嵌合病毒，所得到的8个嵌合病毒的骨架都来自WIV1，它们的其它部分都相同，不同的只有刺突蛋白，这样可以更清晰、明确地对比8个刺突蛋白的功能、特性。 6park.com
制作嵌合病毒是不是很高端很牛B？是不是能制作嵌合病毒就有制造新冠病毒的嫌疑？绝非如此。解读一、解读八已经一再指出，制作嵌合病毒或对病毒进行适当改造在病毒研究中非常非常常见，非常非常普通。在病毒研究中每每使用的，危险病毒的替代、模拟物--假病毒就是嵌合病毒， 6park.com

（新冠-VSVΔG假病毒示意图，此图说明见解读一）
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广泛使用的腺病毒（载体）疫苗也是嵌合病毒，它是将SARS病毒的刺突蛋白（S蛋白，Spike蛋白）嵌入到去除了复制能力的缺陷型腺病毒骨架得到的。 6park.com
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对病毒学家来说，制作嵌合病毒毫无高端可言，甚至，可以说它是一种烂大街的技术。早在2003年-2004年，SARS病毒的腺病毒疫苗就已经问世了。 6park.com
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我们能说制造假病毒这种嵌合病毒的科学家行为不端吗？我们能说制造腺病毒疫苗这种嵌合病毒的科学家有罪吗？同样，为检验新发现蝙蝠冠状病毒刺突蛋白的ACE2结合能力而制作人类无害、无功能增强、扩展的嵌合病毒，这种非常非常正常的病毒研究，有什么可指责的？ 6park.com
报告称，“武汉病毒所研究人员还利用一年前他们首次推出的反向遗传学系统。。。”。武汉病毒研究所2016年首次推出反向遗传系统，这是不是说明武汉病毒研究所的技术很先进很牛B？完全相反，这说明他们落后得太多了！美国科学家首次推出反向遗传系统是在哪一年呢？2003年！比武汉病毒研究所早了整整13年！相关内容在解读七、解读八中已经提到过，我们再稍作重复。 6park.com
Ralph S. Baric团队早在2003年SARS疫情结束后，就与美国陆军传染病医学研究院（U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases）、美国范德堡大学医学中心（Vanderbilt University Medical Center）合作研发出了可快速、精准、无痕迹合成病毒的反向遗传克隆平台，使用该平台合成的第一种病毒，就是SARS病毒：他们使用该平台人工合成、组装了SARS病毒的cDNA并成功获得了具有细胞感染能力和传染性的SARS病毒的毒株。 6park.com
2003年10月28日，Ralph S. Baric团队、美国陆军传染病医学研究院、范德堡大学医疗中心在PNAS（美国国家科学院院刊）上联合发表了一篇论文：Reverse genetics with a full-length infectious cDNA of severe acute respiratory syndrome coronavirus（SARS病毒全长传染性cDNA的反向遗传学）
https://www.pnas.org/content/100/22/12995 6park.com
这篇论文宣告了反向遗传平台的问世。 6park.com
报告称，“再次要强调的是，武汉病毒所研究人员在。。。2017年，就创造了能够感染人类的嵌合冠状病毒”。这是事实吗？是事实，但更准确地说，是武汉病毒所研究人员在云南昆明附近洞穴中新发现了3种能够感染人类的蝙蝠冠状病毒，论文制作嵌合病毒，就是为了间接检验新发现病毒是否能够感染人类，二种能感染人类的嵌合病毒是研究中的副产品，不是研究的基本对象。 6park.com
解读八已经指出，WIV1病毒虽然能够进入（感染）人体细胞，但不会使人发病，是人类无害的蝙蝠冠状病毒。WIV1的骨架对人类没有致病力，以这一骨架制作的8个嵌合病毒也是人类无害的；WIV1-Rs4231S、WIV1-Rs7327S这两个嵌合病毒之所以能够感染（进入）人体细胞，是因为它们的刺突蛋白来自新发现病毒Rs4231、Rs7327，它们实际上继承了这两种病毒的人体细胞进入能力。2017年石正丽团队PLOS Pathogens论文所作病毒嵌合没有增强病毒的致病能力，没有增强、扩展病毒的感染能力，没有扩大病毒的宿主范围，它不是一篇功能增益研究论文。 6park.com
“武汉病毒所研究人员在。。。2017年，就创造了能够感染人类的嵌合冠状病毒”，这是不是很高端很牛B的事？压根就谈不上。 6park.com
腺病毒疫苗就是能够感染人类的嵌合病毒，它们通过感染人体细胞来刺激免疫系统产生抗体。前面已经指出，SARS腺病毒疫苗2003年-2004年就已经问世了。 6park.com
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在病毒研究中广泛使用的，用来模拟或替代危险病毒的假病毒是嵌合病毒，用SARS刺突蛋白制作的可感染人类的假病毒同样很早就问世了，它与SARS腺病毒疫苗的制作原理相同。下图也适用于以SARS刺突蛋白制作的假病毒。 6park.com
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请诸位回答我，“武汉病毒研究所2017年就创造了能够感染人类的嵌合冠状病毒”，这件事值得一提吗？值得大惊小怪吗？能把它拿来作为指控武汉病毒研究所制造新冠病毒的证据吗？ 6park.com
我们应该了解、对照一下，美国科学家制造嵌合病毒，制造能够感染人类的嵌合冠状病毒，制造功能增益性嵌合冠状病毒的历史。 6park.com
前文已经指出，2003年10月，Ralph S. Baric团队、美国陆军传染病医学研究院、范德堡大学医疗中心联合研发了反向遗传克隆平台，这一平台可快速、精准地合成病毒，为病毒研究及病毒基因编辑、基因改造提供了巨大的便利。使用反向遗传平台，只要知道了某个病毒的基因序列，就能把该病毒合成、组装、复活出来，设计好了新病毒的基因序列，同样可以把它合成、组装、复活出来。也就是说，反向遗传平台不仅可以快速、精准地合成既有病毒的克隆，还能创造、合成人类设计、改造的，之前并不存在的病毒。 6park.com
反向遗传平台可以精准地合成、获得与已知基因序列完全一致的病毒毒株或病毒克隆，也可以精准地合成、收获与所设计基因序列完全一致的，之前并不存在的新病毒的毒株。反向遗传平台实际上提供了一种无痕迹的病毒改造技术。 6park.com
2003年反向遗传平台开发成功后，Ralph S. Baric团队使用该平台合成过无数病毒，该团队2003年后（我阅读过的）的每篇论文，都使用反向遗传平台合成了一种或数种病毒。在2017年6月28日验证瑞德西韦广谱抗病毒能力的Science Translational Medicine论文中，该团队使用反向遗传平台一次合成了7种病毒（参见解读二）。 6park.com
Ralph S. Baric团队使用反向遗传平台合成的病毒包括自然来源病毒、人工嵌合病毒、其它基因编辑、基因改造病毒，包括功能增益性质的基因改造病毒。在该团队设计、制造的功能增益性基因改造病毒中，一部分是扩大了宿主范围，具有跨物种传播能力的病毒，一部分是对人或动物有严重致病能力甚至致死能力的危险或高危病毒（包括使用抗体和疫苗治疗无效的高危病毒），还有同时兼具前两种情况的基因改造病毒。 6park.com
Ralph S. Baric团队使用反向遗传平台合成功能增益性人工改造病毒的历史至少可追溯至2008年。 6park.com
2008年12月16日，Ralph S. Baric等人在PNAS（美国国家科学院院刊）上发表了一篇论文：Synthetic recombinant bat SARS-like coronavirus is infectious in cultured cells and in mice（合成的重组蝙蝠类SARS冠状病毒在培养细胞和小鼠中具有传染性）
https://www.pnas.org/content/105/50/19944 6park.com
该论文使用反向遗传平台合成了可感染人类，可跨物种传播的嵌合冠状病毒Bat-SRBD，Ralph S. Baric是此论文的第一通讯作者。论文有关要点如下：
1) 首先基于4种蝙蝠冠状病毒的基因序列，设计了一个4种病毒的共有基因序列。涉及的4种蝙蝠病毒是：HKU3-1、HKU3-2、HKU3-3 和 RP3。Rp3就是解读一提到的，石正丽、达萨克2008年2月Journal of Virology论文中用到过的蝙蝠冠状病毒；
2) 基于共同序列，使用反向遗传系统首先人工合成了一个以该共有序列为基因序列的病毒Bat-SCoV；
3) 将SARS病毒刺突蛋白的RBD（Receptor Binding ，受体结合域）嵌入到Bat-SCoV的骨架中，替换掉Bat-SCoV的RBD，合成了嵌合病毒Bat-SRBD；
4) 实验表明，Bat-SRBD能有效感染表达人类ACE2的转基因小鼠DBT细胞、表达果子狸ACE2的转基因小鼠DBT细胞，以及灵长类动物的Vero E6细胞，并在细胞内大量复制。Bat-SRBD还能感染人气道上皮的纤毛细胞。 6park.com
注：小鼠DBT细胞，指小鼠延迟脑肿瘤细胞，或称为小鼠星形细胞瘤迟发性脑瘤细胞。  6park.com
这一论文经过对蝙蝠冠状病毒的两轮人工改造、合成，改造出了一种能同时感染人类、非洲绿猴、果子狸、转基因小鼠的人工病毒Bat-SRBD，它不仅能够感染人体细胞，还具有跨物种传播能力。 6park.com
这篇2008年12月16日的PNAS论文人为扩展了4种蝙蝠冠状病毒的感染适应性，扩大了它们的宿主范围，把只能感染蝙蝠的蝙蝠冠状病毒变成了可感染多个物种（包括人类）的可跨物种传播的病毒。这是一篇功能增益论文。 6park.com
石正丽团队、武汉病毒研究所从未做过类似的人为扩大病毒宿主范围的研究。 6park.com
这篇论文相关研究是在美国国立过敏和传染病研究所（National Institute of Allergy and Infectious Diseases，NIAID）的支持下进行的。NIAID是美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）的下属机构，十几年来，NIAID的所长一直是现任白宫首席医学顾问安东尼·福奇(Anthony Fauci)。福奇、美国国立卫生研究院院长弗朗西斯·柯林斯（Francis S. Collins），这两个美国卫生系统的重要官员都是功能增益研究的积极支持者，也是川普政府撤销奥巴马禁令的二个重要推手（2017年12月）。这两个人长期支持Ralph S. Baric团队的病毒改造研究，包括功能增益研究，在奥巴马功能增益暂停令（2014年10月）颁布后，美国国立卫生研究院（NIH）还特别批准Ralph S. Baric团队继续开展两项功能增益研究。在NIH支持下，Ralph S. Baric团队完成了两项SARS相关的功能增益研究，先后发表了2015年11月9日的Nature Medicine论文和2016年3月14日的PNAS（美国国家科学院院刊）论文（两篇论文的简介在解读一、解读二中）。福奇为什么长期声称新冠病毒来自动物？他和美国政界、科学界其他“新冠动物来源论”者是在为中共打掩护吗？是在为中共撒谎吗？是在为中国科学家两肋插刀吗？ 6park.com
请诸位回答我：没有做过功能增益研究的石正丽团队、武汉病毒研究所，和有十多年功能增益研究经验的Ralph S. Baric团队，谁更应该被质疑，谁更应该被指控，谁更应该被调查？ 6park.com
石正丽团队和Ralph S. Baric团队都在从事（冠状）病毒跨物种传播领域的研究，但他们的研究方式、研究途径、研究内容有着本质的区别。 6park.com
Ralph S. Baric团队的多篇论文显示，他们做过大量的功能增益研究和实验，他们在长期积极探索各种基因改造方法，以增强病毒致病能力，增强病毒感染能力，扩展病毒宿主适应能力，扩大病毒宿主范围。Ralph S. Baric团队不是在病毒研究中偶然制造出了危险病毒，他们在有目的地刻意尝试制造、培养各种危险的病毒人工改造物，人工变异体。 6park.com
石正丽团队则致力于SARS病毒的溯源，长期在自然界中搜寻、发现象SARS那样可跨物种传播的蝙蝠冠状病毒，并研究它们跨物种传播的机制。石正丽团队大把大把的时间都花在了搜寻、分析蝙蝠病毒样本上。石正丽团队在研究中不可避免地对病毒进行过必要的嵌合或其它改造，但他们的病毒改造以解读、认知病毒的既有特性、功能、机制为目的，他们没有为病毒增加新的特性、功能、机制，他们没有增强病毒的致病能力，没有增强病毒的感染能力，没有扩展病毒的宿主适应性，没有扩大病毒的宿主范围。石正丽团队没有任何功能增益研究的论文记录、文献记录。 6park.com
解读十、 6park.com
注：这部分内容被我剪掉了，它们将放到下一篇文章中，并分解成两个部分。 6park.com
（未完待续）

贴主:hgao于2024_03_22 13:07:11编辑