上周，南非科学家向世界发出了关于新冠Omicron变种的警报，美国的研究人员警告称，这种高度变异的毒株可能已经在美国传播。被人发现只是早晚问题。
12月2日周四，卫生官员报告了美国第二例Omicron感染病例，这是一名明尼苏达州男子，他在症状出现前几天在纽约参加了一个动漫大会。值得注意的是，与第一例病例是一名最近从南非返回的加州居民不同，这一例并没有出过国，表明发生了国内传播。但是发现的时机让很多人疑惑，“为什么花了这么长时间？”
根据明尼苏达州卫生部提供的细节，这名男子住在该州人口最多的城市明尼阿波利斯所属的亨内平郡，他在11月22日开始出现症状，11月24日接受了PCR检测。Omicron新变种的消息是在11月25日发出的。明尼苏达州卫生官员直到一周后的12月1日晚上，才从测序数据中确认他的感染由Omicron变种引起。
相比之下，英国的公共卫生机构发现该国的第一例新变种病例发生在南非拉响警报后不到48小时。
“尽管最近几个月我们增加了测序，但我们仍然有一个采样问题，”加州拉霍亚的斯克里普斯研究转化研究所（Scripps Research Translational Institute）创始人兼所长埃里克·托普尔（Eric Topol）说。该研究所是美国疾病控制与预防中心（Centers for Disease Control and Prevention，CDC）去年组织的SARS-CoV-2监测联盟的一部分。美国的检测率只有英国的四分之一，而且没有一个系统的方法来检测旅行者和有突破性感染的人。所以美国不光没法及时测序，甚至连及时检测PCR都做不到。
托普尔说，这让美国处于很大的劣势。他说：“这一切跟这场疫情开始时我们面对的问题压根没有任何变化。在这个国家，我们没有团结，一切都四分五裂，嗯，一切。”
感恩节假期可能是检测节奏放缓的原因之一。但这不是故事的全部。虽然美国在过去一年中大大加强了新冠病毒测序工作，但进展参差不齐。靠近大型学术中心的城市中心往往得到很好的覆盖，而农村地区则不然。这意味着美国大部分地区的公共卫生部门仍然跟无头苍蝇一样缺乏指引，尽管他们正在想办法优先处理怀疑是Omicron的样本。
“人们正在努力协调一致，尽其所能进行分类，但自疫情开始以来，我们作为一个国家在提高测序能力方面做得不够，现在我们又遇到了这个问题，”约翰·霍普金斯健康与安全中心的莱恩·瓦姆布罗德（Lane Warmbrod）说；她今年早些时候与人合著了一份报告，概述了一个有效的国家监测项目应该是什么样的。
即使患者生活在像明尼苏达州这样的大城市，后勤方面的挑战也会使测序过程变得无比缓慢。明尼苏达州卫生部发言人道格·舒尔茨（Doug Schultz）告诉STAT说，在该州，阳性样本通常需要4到7天的时间打包并运送到可以进行测序的机构。测序本身还需要4到5天。考虑到各种测试周期，这意味着从测序器中取出的基因组通常来自于10到14天前采集的样本。
舒尔茨说：“我们已经竭尽所能加快这一进程。我们只需要一定的时间来收集样本、包装和运输它们。”
明尼苏达州并不是唯一的例子。美国医疗保健的破碎性意味着，当有人在医院或诊所接受PCR测试时，大部分样本会流向LabCorp和Quest等大型私人检测供应商之一。然后，这些样本的一部分将被储存起来，送往郡或州的公共卫生实验室，这些实验室要么自己进行测序，要么将样本送到学术实验室或其他行业合作伙伴，解码其中的病毒基因组。
瓦姆布罗德说：“在一个完美的世界里，我们应该会有一个更强大的卫生系统，将我们的公共卫生机构更有机地整合在一起，这样可以在同一个网络内进行检测和测序。”
填写表格和一层层运输样本可能需要几天到几周的时间。测序本身可以达到24到48小时的周转速度。移动样本的物流才是真正的瓶颈。
弗吉尼亚大学卫生学院临床微生物学副主任艾米·马瑟斯（Amy Mathers）说：“现在这种情况实在太可笑了。”她的实验室团队对弗吉尼亚州的阳性冠状病毒样本进行测序。目前，他们每周收到多达300个样本，每周通过快递从里士满的州公共卫生实验室运送一到两次。考虑到单个病例的旅行史或接触追踪数据，公共卫生部门可能会标记出一些可疑样本，把它们推到测序队列的前面。
马瑟斯说：“与疫情之前相比，我们已经更深入地整合了卫生系统。但他们从测序仪上提取的数据并不能反映实时感染。通常它显示的是10到14天前在本州流行的东西。现在他们正在检测的是11月中旬的样本。
马瑟斯说：“我们一直在游说建立一个系统，让人们可以直接向我们发送阳性样本。但问题是，很难找到一种方法将它们登录到公共卫生系统。这些表格对医院来说太混乱了。”
她的团队还没有在他们的测序数据库或任何新样本中发现任何Omicron变种的病例，包括那些从旅行者身上采集的、排在队列前面的样本。马瑟斯说，她的实验室正在对她所在地区所有检测呈阳性的样本进行测序。
在夏季Delta变种激增期间，样本甚至会积压更久。她说，最后，所有这些测序都没有多大帮助。9月份，她的团队对1000多个样本进行了测序。每一个都是Delta变种。但现在，比以往任何时候都更重要的是对该州的每一瓶病毒进行测序。她说：“随着这些新变异的出现，我们必须进行大量采样，好把任何潜伏着的Omicron变种给揪出来。”
在周二的新闻发布会上，CDC主任罗谢尔·瓦伦斯基（Rochelle Walensky）说，美国目前每周在公共卫生、学术和私人实验室对大约8万个样本进行测序。但尚不清楚其中有多少是实时或者相对更新的样本。
公共卫生实验室协会传染病主任凯利·弗罗伯维斯基（Kelly Wroblewski）通过电子邮件告诉STAT，似乎并没有一个紧急的、由所有参与者协调推动的加速工作。她写道： “将测序工作分发给所有的州和许多地方管辖区在这方面是有帮助的，因为它使测序工作更接近患者。”
在实现更广泛的地理测序之前，科学家们现在还可以采取另一个步骤。由于Omicron独特的突变群，它会在某些类型的PCR检测中留下一个暴露的模式。这些检测寻找病毒基因组的片段，包括编码其刺突蛋白的S基因。在一些检测中，Omicron的S基因片段没有出现——这种现象被称为“S基因缺失”。如果科学家看到这一点，这是一个信号，表明这种病毒可能不是广泛传播的Delta变种，而可能是Omicron。事实上，加州和明尼苏达州的官员就是这样发现他们的感染的。
在加州这个病人的案例中，他在一个城市检测站点检测出了阳性（使用的PCR检测没有发现S基因缺失），他的旅行史促使工作人员将样本送到加州大学旧金山分校研究员邱华彦（Charles Chiu）的实验室，他的团队在那里进行了寻找S基因缺失的检测。在几个小时内，他们看到了这个信号，因此他们将样本表达到一个手持式基因测序仪上，该仪器比通常用于大规模测序的大型仪器运行得更快。当晚晚些时候，他们得到了确认。
明尼苏达的情况类似。在得知Omicron变体时，明尼苏达的卫生官员联系了他们在新泽西的临床实验室合作伙伴，他们的标准试验已经在寻找S基因缺失。新泽西的实验室发现了少量带有可疑模式的样本，又将其送回明尼苏达州进行测序。这些样本于11月30日星期二送达，该州的研究小组用了不到48小时就完成了基因组分析，并发现其中一个样本是新变异。
周四晚上，科罗拉多州的官员证实，最近从南非返回的一名患者身上又发现了一例Omicron病毒。在纽约，官员证实了五例可能由当地传播引起的病例。科学家们希望在接下来的几天和几周内发现更多的证据。托普尔说：“我们参加Omicron派对来得有点晚，但它们很快就会出现。”但是，如果没有改进，这些发现将提供一幅变异在过去传播的图景——而且是不完整的图景，而不是今天的情况。