明朝末年，江山败落，鲁藩在绍兴建国，称号鲁王，崇祯的儿子在福州建都，称号闽中唐王，劝说闽浙两省联合对敌，未成。不久，唐王兵败汀洲，中藻召集一万多明军，沿路攻打清兵，受唐王封为兵部尚书。先后光复了庆元、泰顺、寿宁、福安、宁德、古田、罗源等县，明军将士扩大到数万人，后又攻破福宁、长乐。


刘中藻当上唐王的兵部尚书，带兵抗清来到福安县城，把满清委派的头任知县郭云秀打死，光复闽东数县，威震朝廷内外。中藻的舅舅们，这里年纪也都大了。回想起当年欺负外甥的情况，惊得要命，心想：如今只要刘中藻的眼角和嘴须轻轻一动，便够舅舅们“食一盅”的了！一个个都惊惊慌慌带了家眷躲到乡下去了。刘中藻知道后，忙派人将他们叫回来，告诉他们说：“儿时玩乐岂能计较？眼前清兵之辱，才要永记在心。”舅舅们一个个都回来了，与他一起共谋抗清大计。


随后中藻的节节胜利，使清朝廷大为恐慌。已丑年正月，派总督陈锦领兵十多万满州兵攻打中藻，因兵力悬殊，几处失守，后来清兵把福安县城围得水泄不通。中藻在内无粮草、外无救兵的情况下，孤军奋战了四个月。此后4月间，刘中藻团结全城军民，为保这一块明朝残疆身先士卒浴血奋战，击退了清军多次攻城，其间清廷曾多次以高官厚禄诱降于他，都被拒绝。为要挟其投降，清军将刘中藻亲生长子捕获囚禁，闻此消息，刘中藻虽然心疼儿子，却仍凛然回复：“我岂以千秋易一子？”当福安城破那天，中藻挂起明祖皇帝像，身穿明朝官服，施朝礼说道：“臣力竭矣！此一块残疆，终非我有。唯有一死报列后在天之灵耳！”又写下二首《绝命诗》，其中有“黄泉无客舍，今夜落谁家”等名句。


奋力抵抗4个月后，城内粮草耗尽，在内无食粮、外无救兵的情况下，刘中藻知道此战已经回天无力了。要拼尽最后一丝气力于清兵决一死战嘛？虽然刘中藻誓死效忠明朝，但却无法做下这样的决定。有扬州十日屠城惨案在前，再想到清朝“尊依者为我国国民，迟疑者为逆命之寇，必置重罪”这般严酷的民族征服政策，他担心自己抗击清兵失利后，扬州十日惨案之景会在福安重现。


中藻决意自尽了。临死前，他告诫家里人说：“我死后勿易衣冠，正坐中堂，使人见我大明威仪！”说完正坐中堂吞金自尽。清兵攻入县城后，看见中藻衣冠俨然，面色如生，须眉好像竖起来，两个眼睛圆睁睁地坐于中堂之上，个个惊慌；清将领见时，也被这位忠臣义士的精神所感动，命人拿来牲酒，为中藻举办殡祭仪式。

刘中藻的民族节气也影响了他周遭人。相传刘中藻的部下，有9700人与他一同自杀。而刘中藻的儿子刘思沛被囚在浦城，刘中藻死后，清兵有意想放过这个忠烈之后，遂故意问其：“你是否不是刘中藻的亲生儿子？”授意其否认为刘中藻亲生儿子，则可放其出狱。刘思沛却不愿苟且偷生：“父为国尽忠，子当为父尽孝。怎么能因为贪生而不认父亲？”此后，也自杀身亡。