三藩之乱中，吴三桂地盘最大，兵最多，财力最雄厚，再联合平南王尚可喜，靖南王耿仲明，是可以和清王朝分庭抗礼的，也足以威胁到康熙的统治。

清朝入关之初，由于八旗兵力有限，当时以李自成为代表的大顺军和占据东南半壁江山的南明小朝廷依然拥有一定的实力，因此不得不依靠明朝的降官降将充当马前卒，从事招抚及武力镇压。在明朝的降将中，孔有德、尚可喜、耿精忠、吴三桂四人，都早在清朝入关前，或献关或献城投降，在清朝入主北京，逐步统一天下过程中出力最大，所四人全部受封为王。孔有德被封为定南王，吴三桂封平西王，耿精忠封靖南王，尚可喜封平南王。

经过二十的战争，清朝逐一消灭了坚决抗清的农民军，而南明在南方建立的数个政权，随着永历帝在昆明被吴三桂绞杀也彻底失败。清朝当时重视北方的稳定，因此把大部分的八旗力量放置在北方，用来拱卫京师和驻防各重要城池，而南方则暂时交给吴三桂等汉族藩王去镇守。四大汉族藩王中，定南王孔有德在桂林与南明晋王李定国作战中失败自杀，其子亦被李定国所杀，因此藩国无人袭封。如此，就形成了以镇守云南的吴三桂和镇守广东的尚可喜，镇守福建的耿精忠的三藩。

三藩拥兵自重，久镇地方，兵粮充足，且有专制藩国之大权.三藩加起来的总兵力超过二十万人，而其中又属实力最雄厚，吴三桂还向清廷推荐心腹将领王辅臣为陕西提督，吴之茂为四川总兵，王绪，马宝，王屏藩等十人为云南总兵，三藩实力几及全国之半，成为i清朝当时潜在的最大威胁。

吴三桂镇守云贵，清廷出于信任，予其便宜行事，吴三桂以一人掌握云南军政大权，两省督抚都受他节制。吴三桂还滥封文武官员，号称“西选”，从云南选取的官员几乎遍及天下，牢牢的控制了云贵两省的军政要害。吴三桂以各种理由向朝廷索要奉饷。顺治十七年，云南一省奉饷就达到九百万两，再加闽粤二藩之饷，年需达两千余万两，如此巨额数目，另近诸省财力有限，朝廷以江南赋税充实三藩所需奉饷，致使清朝财赋半耗于三藩。

吴三桂为了敛财以为发动叛乱提供强大的财力支持，还私自铸钱(时称“西钱”)，开矿铸铁，贩卖私盐，其专政云南十余年 ，“日练兵马，利器械”，在各省安插心腹，多官至提督，其处心积虑扩大势力，再加上与他狼狈为奸的靖南王耿精忠，平南王尚可喜都在藩国大肆敛财。三藩各据一方，互通声气，广布党羽，心怀异志，成为清廷不能不防的割据势力。

吴三桂利用清朝初定天下，根基尚不稳，加上民间反清复明之人较多，适时地提出“共奉大明之文物，悉还中夏之乾坤”的口号，短时间之内得到了大量反清势力的响应。至三藩之乱爆发，吴三桂及尚可喜、耿仲明实际控制有云南、贵州、福建、广东、响应反清的有四川、陕西等省，短时间内湖南、广西都全部沦陷。其盛极时，光吴三桂自己就有超过三十万的精锐部队，加上他安插在各省的心腹将领，总兵力已达四十万以上。

吴三桂以云贵两省为大本营，直接间接指挥超过四十万的军队，控制着西南诸省，这对入主中原才几十年的清王朝是最大的威胁，也是康熙皇帝自登基以来遇到的最大危机，难怪在叛乱之初，面对气势汹汹的叛军，康熙都急得准备御驾亲征。