第一，努尔哈赤及其祖上曾接受明朝官职，是明朝臣民。算不算当时的中国人一部分？
第二， 楼主或者想说汉人为什么不恨满清。如果楼主是这个意思，那么也是相当不准确的。在满清征服全中国以前，汉人抵抗也是非常激烈，譬如南明，譬如流寇李自成。楼主说的惨案多半也是抵抗招来的报复。后来抵抗不成气候，最重要的原因也是满清基本保留汉人文化和制度，主动汉化。到了满清衰败的时候，太平天国已经后来的革命党对于满清也多有报复。驱除鞑虏的口号就能表明这种情绪。以至于满人都纷纷改汉姓。
历史上，满清确实给汉族人带来了深重灾难，书写历史时也不该粉饰。
到如今，满族人和汉人的分别已经很小了，满族也不再作为一个族群享有高于汉族或其他民族的地位。汉族人也就没有现实的原因去憎恨满族人。
第三，满清征服中国和日本侵华是很不同的，因此楼主的简单类比不妥。满清明白自己在文化上是较落后的一方。虽然搞过削发易服，结果是不论主动还是被动，接受了较先进的文化，即汉化。
日本是认为自己的文化更先进，其目的是让中国日化，就像日本在台湾所做的。
中国历史传统上看，主要是一个文化的而非限于血缘或者地域的概念。所以就文化存续而言，满清征服中国和日本侵华有根本区别。