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  孙可望的叛变，是南明政权内部又一次大动荡。这次内乱平定后，李定国在处理善后事宜上，犯有偏颇。1658年（永历十二年，顺治十五年）正月，永历朝大封剿逆各勋镇，白文选，马进忠，冯双礼，马宝，马惟兴，靳统武，祁三升等功臣加官晋爵。同时，讨伐曾经接受孙可望密令准备东犯昆明的王自奇，张明志，关有才等人。事实上，孙可望败窜后，李定国本可以用朝廷名义对这些将领赦罪招抚，但他计不出此，亲自带兵讨伐，或擒或杀或逼迫自刎了这些人。在大敌当前之际，以内讧中的“功罪”大申赏罚，对于争取和团结内部，尽量减少损失，显然是不利的。
李定国的偏颇更重要的是体现在与刘文秀的关系处理上。李定国和刘文秀同是在原大西军中享有崇高威望的主将，联明抗清后两人既不像孙可望那样心怀野心，又多次独挡一面，指挥重大战役，在迎接永历帝入滇和平定孙可望叛乱等问题上都做出了贡献。刘文秀就战功而言虽然不及李定国，但在当时稳定南明局势方面，晋，蜀二王同为重要，合则兼美，离则两伤。可惜，李定国缺乏博大胸襟，未能对刘文秀推心置腹，与之共度时艰。交水之战后，李定国留在云南，刘文秀领兵追拿孙可望，实际上负有稳定贵州以及与清方接境地区的任务。刘文秀虽然未能擒获孙可望，但安抚地方和军队的工作做得相当出色。到永历十一年十月间，刘文秀见贵州形势已经稳定，同清方相持的明军仍然据守着四川大部和湖广武冈一线，就上疏奏请永历帝移驻贵阳，以利于体现明军进取精神，同时便于就近指挥，振作军民士气。永历帝同意了这一建议，命令礼部择吉日起行。李定国得知此消息后“驻兵永昌，上疏告病，请缷兵事”。永历帝拗不过李定国，知道李定国心中不满，赶紧挽回，玺书慰劳。李定国在永历十二年正月元旦，又请永历帝尽撤川楚守边各镇将回云南，永历帝移驻贵阳的决定也告流产。这件事情是李定国与刘文秀之间裂痕的第一次明显暴露。


从当时形势看，刘文秀的建议是正确的，李定国反对移跸贵阳如果是考虑到永历帝秉性怯弱，距敌越远越好，自然也不无道理。但是，他的上疏告病和逼迫永历帝撤回川楚守边诸将却明显是针对蜀王刘文秀的。李定国的亲信部队主要集中在云南，而刘文秀安抚了贵州，四川，湖广的军队，使得李定国难免有所顾忌，担心永历帝移跸贵阳之后，刘文秀的地位将会凌驾于自己之上。这年三月，李定国又建议永历帝召回了刘文秀，不能不说是很大的失策。清廷正利用南明内讧，孙可望来降的机会调兵遣将准备大举进攻，李定国却心存芥蒂，把刘文秀和处于一线的将领调回大后方昆明，严重地削弱了前方的指挥部署。这说明李定国在平定孙可望叛乱以后，对抗清大局缺乏全面考虑，太过在意巩固自己在永历朝廷中的地位。
刘文秀在追逐孙可望的过程中，注意收集孙可望部下将兵，多达三万多人，加以改编训练，原打算用于守卫同清军接壤地区。他的豁达大度收到很好的效果，孙可望虽然叛变，带走投降清朝的不过区区数百人，而且没有一个重要将领。这说明原先尊奉“国主”的大批将士在大是大非问题上是识大体的，对他们不应该心存芥蒂，加以歧视和打击。然而李定国却因缺乏广阔胸襟，对这些将士有所歧视和区别对待。比如“以收获孙可望之兵名曰秦兵，滇省旧兵名曰晋兵”，“由是孙可望之兵心懒矣”。甚至连在迎接永历帝入滇和粉碎孙可望叛乱中做出重大贡献的刘文秀也受到冷遇。刘文秀被召回昆明后，李定国和永历帝责怪他未能捉住孙可望，对他乱加指责使得他心灰意懒，而且，刘文秀的被召回，意味着被解除兵权，朝廷在晋，蜀二王之间已经明显地倚重李定国，这些目光短浅的举措使得刘文秀深为不满，他在内心异常苦闷的情况下，私下对人说：“退狼进虎，晋王必败国。”把李定国比作孙可望第二，虽然失之偏激，但他对李定国大权独揽和处事不当所表示的反感是不无道理的。
刘文秀之后日趋消极，很少上朝，把一切兵马事务交给护卫陈建料理，足不出户，不久忧郁成病，卧床不起，永历帝和李定国都去看望，再三宽慰，派医调治，但心病无药可治，四月二十五日刘文秀病逝。（待续）