13世纪起，这里成为成吉思汗建立的蒙古帝国的领土。14世纪晚期的1388年，明军在捕鱼儿海（捕鱼儿海又名贝尔湖，不是贝加尔湖）之战中打败北元军队，随即北元后主脱古思帖木儿被也速迭儿刺杀，之后裂解为鞑靼和瓦剌；贝加尔湖直到1620年代之前都属于瓦剌的领土。
沙皇俄国的探索队于1628年扩张贝加尔湖一带，为俄国征服西伯利亚的一部分[36]，而库尔巴特·伊凡诺夫则于1643年带领第一支到达贝加尔湖的探险队[37]。
清康熙三十六年（1697年）和乾隆二十二年（1757年），喀尔喀蒙古和准噶尔汗国先后被清朝征服，清帝国与俄罗斯帝国，最终瓜分了蒙古区域。康熙二十八年（1689年）跟俄国签订的《尼布楚条约》中，曾属于蒙古的贝加尔湖以东地区被康熙皇帝最终承认属于俄国；清雍正五年（1727年）的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》，亦划定贝加尔湖地区归俄罗斯帝国所有。