综合台媒报道，台湾地区本次疫情期间，台当局和离岛地区在防疫措施方面不断发生冲突。澎湖县、连江县（马祖）和金门县从6月1日起对入境者实行新冠病毒全面检测的措施，但民进党当局很快宣布这“不合规”，要求撤销。而这三地县政府都表示，措施照旧。

金门机场工作人员引导旅客进行病毒检测（台媒图）

据介绍，台湾地区流行疫情指挥中心在5月30日时曾宣布了与金门、澎湖、连江这三个离岛地区的有关的防疫措施：在台湾岛飞往这三地的5处机场设立筛检站，乘坐飞机前往这三地的旅客必须填写14天内有无症状的健康声明并配合采检，确认阴性才可搭机。“指挥中心”称，这样的强度已经达到全面筛检的目的，当地政府不用另立规定。

由于民进党当局的措施和三地的期待有相当大的落差，澎湖县和连江县在5月31日宣布，从6月1日起对入境者实施强制快筛。金门县6月1日宣布跟进这项措施，不接受快筛者将依照传染病防治规定罚款3000至1.5万元新台币。

但6月1日下午，“指挥中心”指挥官陈时中就声称这三地的这项措施不合规定，将发函予以撤销。而金门县、连江县和澎湖县之后都回应称，全面筛检政策将继续进行。

入境旅客在金门机场等待检测（台媒图）

金门县政府表示，县政府对入境旅客执行全面快筛“有所本”（是有依据的），对于1日入境金门的27位未进行自愿筛检的旅客，将依涉嫌违反传染病防治规定进行罚款。

金门县政府称，根据统计，6月1日全天到达金门的飞机有1架台军军机、4班民航机，总计到站236人，其中1人自附阴性报告，共筛检208人，总筛检率约88.5%，创下金门快筛站最高纪录。进站旅客中有27人未筛检，县政府将按规定处以3000至1.5万元新台币的罚款。

入境旅客在金门机场等待检测（台媒图）

金门县县长杨镇浯1日晚在社交网站上发文称，地方政府无意与民进党当局对抗，但在民进党当局尚未按照决议全面筛检前，金门机场的筛检站仍将继续运作。金门县国民党“立委”陈玉珍在社交网站上发布视频怒斥：“陈时中，桃园机场你守不住，金门机场我们自己守，你不要害死我们金门人。”

连江县长刘增应也表示，全面筛检是持续要做的，运用正向技巧及温和态度，相信99%的入境者都愿意接受筛检。连江县国民党“立委”陈雪生则指出，台湾立法机构在党团协商中，对赴离岛强制快筛已经无异议通过，他称“指挥中心”的做法“很奇怪”，马祖地位重要，医疗资源也不足。

6月1日，抵达澎湖的旅客等待接受检测（台媒图）

澎湖县政府也强调，台湾本岛机场全面快筛是金马澎离岛3县共同主张，民进党当局应尊重离岛诉求并落实台湾立法机构的附带决议，而非撤销外岛的防疫措施，尤其澎湖医疗资源有限，根本经不起确诊者一再进入，县政府绝不能让澎湖失守。

高雄机场等待登机的乘客（台媒图）